连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。

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棉花全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA 和TIGR Gene Indices等知名数据库，代表了43,803个棉花基因和转录本。

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Human610-quad在一张芯片上可平行进行4个样品的检测，显著的增加了样本输出信息量，减少了实验操作中的误差。Human610-quad广泛的采用了HumanHap550芯片的内容，以及额外增加了60000个遗传标记。Human610

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aCGH芯片在试管婴儿的胚胎植入前遗传筛选中已经得到广泛应用，能在36小时内有效筛查出10Mb以上畸变而不局限染色体非整倍体的检测。

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