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连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，目前有人类及小鼠共4款芯片可选择。

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Infinium全基因组SNP分型

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大鼠甲基化芯片2.1M经济型,大鼠全基因组甲基化芯片Rat DNA Methylation 2.1M Economy Whole-Genome Tiling - 4 Array SetForm

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细胞遗传芯片CGX芯片CGX6CGX-6 Array  1.0

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小鼠甲基化芯片2.1M,小鼠全基因组甲基化芯片Mouse DNA Methylation 2.1M Whole-Genome Tiling - 10 Array Set

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果蝇全基因组染色质免疫共沉淀芯片,果蝇chip芯片385K

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连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。

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